Fauna Nadnidziańskiego Parku Krajobrazowego należy do bardzo bogatej co wynika z dużego zróżnicowania siedlisk – od skrajnie suchych stoków wapiennych i gipsowych wzniesień, po rozległe bagna i rozlewiska. Najlepiej poznaną grupą świata zwierząt są bezkręgowce, a zwłaszcza owady siedlisk kserotermicznych. Spotyka się tutaj wiele gatunków bardzo rzadkich, mających w Parku jedyne swoje stanowiska w Polsce. Przykładem jest pająk – poskocz krasny (Ersesus niger). Jest to jeden z czterech chronionych gatunków pajęczaków w Polsce. Stanowiska tego gatunku w Parku znajdują się na północnej granicy jego zasięgu w Europie. Kolejnym cennym owadem jest modliszka (Mantis religiosa), która swoją aktywność przejawia w stosunkowo wysokiej temperaturze, a jej optimum termiczne wynosi ok. 20°C, lecz gdy temperatura spadnie do ok. 10°C nie jest zdolna do wykonywania ruchów. W Parku występuje interesująca cykadaCicadetta podolica. O jej południowym rodowodzie może świadczyć wrażliwość na najmniejsze zmiany temperatury. Cykady na ogół śpiewają w słoneczne dni, siedząc na wyższej roślinności w plamie słońca (śpiewy cykad rozbrzmiewają w okresie od połowy maja do pierwszych dni lipca).
Powszechnie spotykanymi owadami są piękne, barwne motyle jak np. paź królowej, kraśniki, modraszki, rusałki: pawie oko i admirał. Ponadto do ciekawych i interesujących gatunków należą chrząszcze biegacze oraz trzmiele.
Na terenie Parku stwierdzono występowanie 19 gatunków mięczaków umieszczonych na Czerwonej Liście Zwierząt Ginących i Zagrożonych w Polsce w tym: 6 gatunków ślimaków (4 gatunki wodne i 2 lądowe) oraz 13 gatunków małży. Dwa gatunki małży (Unio crassus i Pseudanodonta complanata) wpisane są na Czerwoną Listę Zwierząt Zagrożonych Globalnie. Rzeka Nida na odcinku Pińczów (Pasturka) – Stary Korczyn zachowała dość naturalny i mało zmieniony przez człowieka układ. Sprzyja to występowaniu rzadkich mięczaków wodnych, a zwłaszcza dużych małży. Występują tu objęte ochroną gatunkową skójka malarka, szczeżuja wielka i szczeżuja spłaszczona. W osadach dennych koryta Nidy żyją również cenne gatunki małży o drobniejszych rozmiarach, a wśród nich gałeczka rzeczna oraz groszówki: rzeczna, jajowata, drobna, żeberkowana.
Spośród ślimaków zamieszkujących Nidę na uwagę zasługują rzadkie już dziś gatunki: żyworódka rzeczna i zatoczek wieloskrętny. Ciepłe i suche z bogatym w wapień murawy i zarośla to siedlisko ślimaka przydrożnego i austriackiego oraz objętego ochroną ślimaka żółtawego.
Kręgowce poznane są nieco słabiej, niemniej i w tej grupie występuje wiele gatunków chronionych i rzadkich.
W rzekach Parku stwierdzono występowanie ponad 38 gatunków ryb. Do chronionych i bardzo rzadkich gatunków ichtiofauny należy głowacz białopłetwy, a także: piekielnica, śliz, koza oraz z gromady kręgoustych – minog strumieniowy.
Spośród płazów i gadów spotyka się większość krajowych gatunków. Do przedstawicieli tej grupy należą: traszki – zwyczajna i grzebieniasta, rzekotka drzewna, kumak nizinny, grzebiuszka, ropucha zielona, padalec, jaszczurki – zwinka i żyworódka. Jaszczurka zwinka zamieszkuje obszar kseroterm, podczas gdy jaszczurka żyworodna wydaje się być przywiązana do obszarów leśnych. Na terenach podmokłych można spotkać zaskrońca. Z obszarami leśnymi zwłaszcza żyźniejszymi grądami związana jest obecność padalca zwyczajnego.
Bardzo interesującą grupę zwierząt liczącą około 170 gatunków na terenie Parku stanowią ptaki, wśród których występują bardzo licznie gatunki chronione i rzadkie, a najcenniejsze z nich wpisane zostały do Polskiej Czerwonej Księgi Zwierząt: bączek, kureczka zielonka, bąk. Ponadto należy zaznaczyć, iż na terenie Parku występuje bardzo rzadki gatunek derkacz – niewielki ptak wilgotnych łąk odzywający się charakterystycznym, zgrzytającym głosem. O tak wysokim bogactwie ptaków przesądza wyjątkowo duże zróżnicowanie tutejszych siedlisk, ale przede wszystkim występowanie zagrożonych w Europie ptaków wodno – błotnych. Ich główną ostoją jest dolina Nidy. Jej rozlewiska, starorzecza wraz z dużymi kompleksami stawów rybnych stwarzają dogodne warunki do bytowania ptaków wodnych i bagiennych. Spośród gatunków zalatujących można wymienić: orlika krzykliwego, żurawie, bataliony, łabędzie krzykliwe, świstuny, czaple, ślepowrony, bieliki, rybołowy.
Również w innych biotopach gniazdują rzadkie gatunki ptaków, jak: bocian czarny, kania czarna, kraska. Na obszarze lasów łęgowych gnieżdżą się bogate zespoły ptaków śpiewających. Ciekawy typ zgrupowania ptaków tworzą obszary kserotermiczne, szczególne ze względu na liczne występowanie potrzeszcza, kląskawki i ortolana.
Spośród gatunków ssaków na uwagę zasługują nietoperze jak: nocek Natterera, borowiec wielki, gacek wielkouch i mroczek posrebrzany. Bardzo interesujące są zasiedlające siedliska wodne bóbr i wydra. Na bardziej wilgotnych łąkach i turzycowiskach można spotkać drobnego ssaka owadożernego – ryjówkę aksamitną. Podmokłe szuwary zajmuje duży – nornik północny. Na obszarach leśnych (zwłaszcza grądowych) można znaleźć nory borsuków i lisów. Tereny otwarte są najczęściej zamieszkiwane przez polnika. Można tam również spotkać karczownika.
O walorach fauny Nadnidziańskiego Parku Krajobrazowego świadczy fakt wytypowania ostoi z punktu widzenia ochrony m.in. ptaków do europejskiego systemu obszarów przyrodniczo cennych CORINE.
