Szata roślinna JPK jest związana z Pasmem Jeleniowskim Gór Świętokrzyskich, które stanowi zasadniczą część Parku ok. 64% jego powierzchni pokrywają lasy. Wyróżniono 4 typy siedliskowe lasu oraz 6 zespołów roślinności leśnej, do których zaliczyć można: wyżynny jodłowy bór mieszany, środkowopolski bór mieszany, podgórski łęg jesionowy, grąd subkontynentalny, kwaśną buczynę niżową i żyzną buczynę karpacką. W drzewostanie Parku największy udział mają: buk (ok. 52%) i jodła (ok. 40%). Tworząc zwarte i ciemne lasy uniemożliwiają one rozwój i zróżnicowanie gatunkowe runa leśnego.

W otulinie dominują tereny odkryte, gdzie na wychodniach skalnych wykształciły się zbiorowiska roślin kserotermicznych reprezentowane głównie przez zbiorowiska murawowe i zaroślowe, szczególnie interesujące w okolicy wsi Skały.

Na terenie Parku występuje ok. 728 gatunków roślin naczyniowych dziko rosnących, z czego 27 gatunków podlega ochronie krajowej, 21 należy do gatunków rzadkich i zagrożonych wyginięciem w skali regionu.

Z gatunków objętych ochroną ścisłą występują m.in.: widłaki: wroniec, jałowcowaty i goździsty, paprotka zwyczajna, skrzyp olbrzymi, tojad dziobaty, parzydło leśne, wawrzynek wilczełyko, pokrzyk wilcza jagoda, naparstnica zwyczajna, lilia złotogłów, storczyk szerokolistny, podkolan biały, gnieźnik leśny, rojnik pospolity, pajęcznica gałęzista.

Z gatunków objętych ochroną częściową stwierdzono obecność: kocanki piaskowej, kopytnika pospolitego, porzeczki czarnej, pierwiosnki lekarskiej, marzanki wonnej, konwalii majowej, kruszyny pospolitej, bluszcza pospolitego i kaliny koralowej.


Gatunki rzadkie i zagrożone wyginięciem w skali regionu, rosnące na terenie Parku to: paprotnik kolczysty, zanokcica zielona, kokorycz pełna, bodziszek żałobny, pokrzyk wilcza jagoda, lepiężnik biały, kostrzewa leśna, miodunka miękkowłosa, oman szorstki, ożanka właściwa.